تعود نشأة مكتبة المسجد الاقصى الى العصر الايوبي حيث كانت تسمى خزانة كتب المسجد الاقصى خزانة كتب المسجد الأقصى وكلن موقعها في قبة الصخرة، وفي عام 1922 أعاد المجلس الإسلامي الأعلى افتتاح المكتبة بجمع المخطوطات وأضاف اليها المطبوعات والمخطوطات من خارج المكتبة ونقلها الى مبنى المدرسة النحوية. ثم أعادت (دائرة الأوقاف الإسلامية في القدس الشريف) افتتاح المكتبة عام 1976، وكان موقعها في الطابق السفلي من المدرسة الأشرفية – جامع الحنابلة بالمسجد الأقصى المبارك سابقًا. ثم نقلت أخيرًا إلى مسجد النَّساء عام 1420هـ/2000م.

محتوى المكتبة

المخطوطات: وعددها بلغ عددها 4000 مخطوط، من بينها عدد كبير من المصاحف، وفيها أيضًا عدد من المخطوطات باللغة التركية العثمانية. وهذه المخطوطات 80 % منها منسوخ في الفترة العثمانية، وبعضها منسوخ في استانبول.
المطبوعات القديمة: تحتوي المكتبة على آلاف الكتب والمجلات المطبوعة قبل حوالي 100 سنة، وهي طبعات نفيسة لأنها لم تعد تطبع، ومن ضمن هذا القسم قسم باللغة التركية العثمانية.
المطبوعات الحديثة: وتقدر بأكثر من 160 ألف كتاب، في شتى المواضيع.

خدمات المكتبة

• خدمات الإعارة: خاصة في مشتركي المكتبة بأقسامها
• خدمات البحث عبر الفهرس الالكتروني
• خدمات في البحث عن الكتب بواسطة موظفي ومتطوعي المكتبة
• خدمات حاسوبية: تحتوي المكتبة على 14 حاسوب لخدمة الزائرين والمستخدمين وتحتوي أيضا على ماكينات تصوير وطابعات ابيض واسود وملون.
• خدمة البحث في قواعد البيانات
• خدمة استعمال الإنترنت اللاسلكي المجاني لزوار المكتبة.
• التصوير والطباعة للبحث العلمي
• تصوير المخطوطات وفق أعلى المواصفات
• الدلالة على النُّسخ الأخرى في المكتبات المقدسيَّة، وغيرها
• التواصل مع المكتبات والمراكز العلمية التي تُعنى بالمخطوطات
• مساعدة طلبة العلم بتنسيق مسبق في مقابلة بعض مخطوطاتهم وارشادهم في ضبط النص.

أنشطة المكتبة

• أنشطة التشجيع على القراءة من مسابقات وفعاليات موسمية ودائمة
• المخيمات الصيفية
• نوادي الكتاب والنوادي العلمية
• استقبال المجموعات من المدارس والمخيمات
• المحاضرات واللقاءات الثقافية