تضم ساحات الأقصى المبارك نحو 26 بئرا عامرة، فيها من الماء ما يكفى لسكان البلدة القديمة بالقدس وليس للمصلين الذين يفدون إلى الأقصى فقط.

وهذه الآبار موزعة بين صحن الصخرة المشرفة في قلب المسجد الأقصى وباقي ساحات الأقصى، حيث يوجد منها ثمان فوق صحن الصخرة والباقي في الساحات المحيطة.

بئر مئذنة باب الأسباط

تقع هذه البئر جنوبي مئذنة باب الأسباط وعلى بعد يسير، وقد بلغ طول هذه البئر سبعة أمتار وعرضها أربعة وعمقها ستة، وقد بنيت حيطانها بالحجر.

بئرا المدرسة الغادرية

تقوم هاتان البئران أمام المدرسة الغادرية على شكل مستطيل، ولهما فتحتان علويتان، وتحمل سقفهما أربع دعامات ضخمة، طولها معا 19 مترا وعرضهما 17 مترا، أما عمقهما فقد وصل إلى 14 مترا، وقد بُني السقف على شكل أقواس، وقد وقع بعضها في عام 1874م ثم رممت بعد ذلك.

بئر باب حطة

تقع هذه البئر جنوبي مطهرة باب حطة على حدود المصطبة، وهي صغيرة الحجم.

بئر البائكة الشمالية الشرقية

تقع تحت مدخل البائكة الشمالية الشرقية، وهي عبارة عن غرفتين، ويبلغ طولها 22 مترا.

بئر المدرسة الأسعردية

تقع هذه البئر على حدود سور المسجد الأقصى غرب باب الملك فيصل تحت المدرسة الأسعردية، وهي صغيرة الحجم ومحفورة في الصخر.

بئر الغوانمة

تقع هذه البئر شرق مئذنة باب الغوانمة محاذية لسور المدارس في شمالها، وهي مستديرة الشكل وصغيرة الحجم.

بئر باب الناظر

تقع هذه البئر بالقرب من باب الناظر عند زاوية الرواق من دون المدرسة المنجكية (دائرة الأوقاف اليوم) الشمالية الشرقية، وهي متوسطة الحجم مستديرة الشكل، طولها ثلاثة أمتار وعرضها متران وعمقها 11.5 مترا.

بئر إبراهيم الرومي

تقع هذه البئر شمال باب الناظر بمحاذاة الرواق الغربي، وهي عبارة عن مجمع مياه كبير، بلغ عمقها 11 مترا غير منتظمة الجوانب، وأشبه بقبة محفورة في الصخر، يعود تاريخ إنشائها إلى عام 1935-1936م.

بئر مصلى شعلان

تقع هذه البئر في زاوية غربي صحن الصخرة الشمالي بمحاذاة مصلى وسبيل ومصطبة شعلان، وهي مستديرة الشكل، ويبلغ قطرها ثلاثة أمتار وعمقها 11 مترا.

بئر البائكتين الغربيتين الشماليتين

تقع هذه البئر في طرف المصطبة الكائنة بين البائكتين الغربيتين الشماليتين أقرب للوسطى، وهي مستديرة الشكل وصغيرة الحجم.

بئر سبيل قايتباي

تقع هذه البئر تحت سبيل قايتباي حتى تحت الرواق الغربي، متطاولة وقليلة العرض، ويبلغ طولها 28 مترا وعرضها ستة أمتار وعمقها 11.5 مترا.

بئر شرق باب المغاربة

تقع هذه البئر شرق باب المغاربة مباشرة، وتعتبر مدخلا من الباب إلى المسجد الأقصى، وهي مقتطعة من مساحة مسجد المغاربة دون ساحات المسجد الأقصى.

بئر غرب الكأس

تقع هذه البئر غرب الكأس بمحاذاته، وهي متوسطة الحجم مستطيلة الشكل.

بئر جنوب البائكتين الجنوبيتين

تقع هذه البئر جنوب البائكتين الجنوبيتين شرقي الكأس، لها فم شرقي مصطبة الكأس وبمحاذاتها، ويبلغ طولها عشرة أمتار وعرضها ستة، أما عمقها فعشرون مترا.

بئر شرق مسجد عمر

تقع هذه البئر شرق مسجد عمر، لها فم ظاهر بقرب المخازن، والبئر متطاولة تمتد إلى خارج أسوار المسجد والمدينة. يبلغ طولها 33 مترا، عرضها تسعة أمتار، وعمقها 16 مترا.

بئر الورقة

تقع هذه البئر شرق رواق مبنى المسجد الأقصى، وقد ذكرت في الكتب بقصص غريبة. يبلغ طولها 18 مترا وعمقها 13 مترا، أوصلت بها مواسير قطرها 1.6م.

بئر شمال شرق البائكة الشرقية

تقع هذه البئر شمال شرق البائكة الشرقية وهي معينة الشكل الهندسي، ويبلغ عقمها 14مترا، ولها سقف برميلي الشكل.

بئر شمال غرب البائكة الشرقية

تقع شمال البئر السابقة بمحاذاتها، شكلها منتظم ويبلغ عمقها عشرة أمتار.

بئر شمال البائكة الشرقية

تقع شمال البائكة الشرقية شمال غرفة المدرسين وتمتد بجزء يسير تحت صحن الصخرة. يبلغ طولها 23 مترا، وعرضها ثلاثة أمتار، وعمقها ثمانية أمتار.

بئر غرب باب التوبة

تقع هذه البئر غرب بابيْ التوبة والرحمة، بانحراف يسير نحو الشمال. وهي أسطوانية الشكل، يبلغ قطرها ستة أمتار وعمقها 11 مترا.

بئر بين البائكتين الشمالية والغربية وقبة الصخرة

تقع هذه البئر في صحن الصخرة بين البائكة الشمالية والغربية وقبة الصخرة وفوهتها ظاهرة. والبئر مستطيلة الشكل، ويبلغ طولها أربعين مترا وعرضها سبعة أمتار وعمقها خمسة أمتار ونصف متر، بناؤها أقواس منخفضة الارتفاع، والبئر مقصورة الحيطان مغلقة.

بئر غرب قبة الأرواح

تقع في صحن الصخرة جنوب غرب قبة الأرواح، يبلغ طولها 12 مترا وعرضها ثمانية أمتار، وعمقها عشرة أمتار، وللبئر فتحتان علويتان.

بئر الخليلي

تقع هذه البئر في صحن الصخرة شرق مكتب لجنة الإعمار مباشرة، وهي صغيرة الحجم أشبه ما تكون بمخزن، غير منتظمة ويبلغ عمقها الشرقي مترين ونصف متر. دُعيت بهذا الاسم لوقوعها في جوار قبة الخليلي.

بئر شمال البائكة الغربية الوسطى

تقع هذه البئر شمال طرف البائكة الغربية الوسطى، لها فوهة ظاهرة وبقربها وعاء حجري كبير كان يملأ بالماء ليشرب منه، والبئر شبه أسطوانية ويبلغ عمقها 15 مترا.

بئر الرمانة

تقع هذه البئر المتطاولة في زاوية صحن الصخرة الجنوبية الشرقية، وهي طويلة تصل إلى ما تحت الساحة المنخفضة للمسجد الأقصى. ويصل طولها إلى 35 مترا، وهي قليلة العرض إذ لا يتعدى عرضها أربعة أمتار، أما عمقها فيصل إلى 16 مترا.

بئر شمال غرب صحن الصخرة

تقع هذه البئر شمال غرب سابقتها بجوارها، ويبلغ طولها 18 مترا، وعرضها 15 مترا، وعمقها 15.5 مترا.

متوضأ قرب الجامع القبلي

يقع غربي الكأس في وسط مصطبة واسعة، ليس له اسم محدد معروف ولذلك أطلق عليه لفظ "متوضأ" فقط.

وهو عبارة عن 18 صنبور مياه في صف واحد، سهل الاستعمال لقربه من مبنى الجامع القبلي لمن أراد الوضوء في العادة.

ميضأة جنوب القبة النحوية

ميضأة كبيرة تحتوي على 35 صنبور مياه وأمامها عدد من الكراسي الرخامية يستخدمها الناس عند الوضوء، وهي حديثة العهد إذ أنشأتها دائرة الأوقاف الإسلامية أواخر القرن العشرين.