تقع في حارة الخوالدة داخل السور قرب باب الجديد بنيت عام (١٢٩٢هـ /١٨٧٦م) على أرض تملكها بطريركية اللاتين، وافتتحت في العام (١٢٩٥هـ / ۱۸۷۸م) بطاقم ضمّ خمسة مدرسين و ( ١٥٠) طالبا. ثم فتحت أفرعًا لها في يافا عام ( ١٣٠٠هـ / ١٨٨٢م) وفي حيفا عام (١٣٠٢هـ / ١٨٨٤م) وفي بيت لحم والناصرة عام (١٣١١هـ / ١٨٩٣م). ومن مشاهير من درسوا فيها أواخر العهد العلماني حسب سجلات المحكمة الشرعية: الرّاهب جريس ولد طنوس الماروني من لبنان وساروفيم فكتور اللبناني ت (۱۹۲۲م وقد بقيت مدرسة الفرير في القدس تواصل مسيرتها التعليمية خلال السنوات الأخيرة من العهد العثماني، واهتمت بتعليم اللغات العربية والفرنسية والإنجليزية إضافة إلى المواد العلمية الأخرى وعندما احتلت القوات البريطانية مدينة القدس في شهر كانون الأول ۱۹۱۷ قامت بالسيطرة على المدرسة وحولتها إلى مركز عسكري، ونتيجة لمساعي إدارة المدرسة والأهالي أخلت القوات البريطانية المدرسة بعد أشهر عديدة، ونجحت إدارتها في استئناف مسيرتها التعليمية.

وشهدت مدرسة الفرير خلال عهد الانتداب البريطاني تطورًا كبيرًا حيث التحق بها العديد من أبناء القدس وفلسطين، كما شهدت المدرسة نقلة نوعية أخرى خلال العهد الأردني خصوصا بعد إغلاق العديد من المدارس في الشطر الغربي من المدينة بعد احتلالها عام ١٩٤٨، وهجرة الآلاف من سكان المدينة إلى الشطر الشرقي، والبحث عن مدارس بديلة لتعليم أولادهم فيها ، وكانت مدرسة الفرير من بين أوائل تلك المدارس التي لبت احتياجات الأهالي. والتحق للدراسة في مدرسة الفرير في تلك الفترة المئات من الطلبة خصوصا من أبناء البلدة القديمة وما حولها. وكان التدريس فيها يتم باللغات الفرنسية والإنجليزية والعربية ونظام الشهادة البريطانية GCE ، وفي وقت لاحق اعتمد المنهاج الأردني في المدرسة.

وواصلت مدرسة الفرير رسالتها التعليمية بعد الاحتلال الإسرائيلي سنة ١٩٦٧ حيث استوعبت المزيد من الطلبة في مقرها الرئيس قرب باب الجديد، ومع زيادة أعداد الطلبة قامت المدرسة باستئجار مبنى في بيت حنينا في عام ۱۹۸۰ ، وأسست فيها مدرسة ابتدائية اخرى وتم في عقد التسعينيات من القرن الماضي تشييد مدرسة جديدة للفرير في بيت حنينا وتجهيزها باحدث وسائل التعليم الحديث حيث نقل اليها الطلبة من المبنى المستأجر.

وقد درس وتخرج من مدرسة الفرير منذ تأسيسها وحتى الآن المئات من الطلبة منهم من لمعت أسماؤهم في ميادين السياسة والآداب والعلوم والاقتصاد والتعليم والطب والهندسة والحقوق والتجارة والسياحة ومن مشاهير من درسوا فيها أواخر العهد العثماني حسب سجلات المحكمة الشرعية الراهب جريس ولد طنوس الماروني من لبنان، وساروفيم فكتور اللبناني (ت (۱۹۲۲م) كما برز ممّن درس فيها من الفلسطينيين: الدكتور إسحق موسى الحسيني، والمحامي هنري كنن، والسفير عفيف صافية، وبرنارد سابيلا، ومانويل حساسيان وغيرهم .