تقع في الجهة الغربية من المسجد الأقصى بين المدرسة العثمانية شمالا ومئذنة باب السلسلة جنوبا. وتسمى أيضا السلطانية، بناها الأمير حسن الظاهري عام 875هـ/1470م، لكن البناء لم يعجب السلطان الأشرف قايتباي عندما رآه أثناء زيارته للقدس فهدمه وأعاد بناءه عام 885هـ/1480م. والمدرسة قسمان: قسم داخل المسجد الأقصى والآخر خارجه، والذي داخله طابقان: الأول كان أصله مصلى الحنابلة بالمسجد الأقصى، ويستخدم جزء منه الآن مقرا لقسم المخطوطات التابع لمكتبة المسجد الأقصى، والجزء الأكبر منه هو مقر ثانوية الأقصى الشرعية للبنات وفيه أيضا قبر الشيخ الخليلي، وبعض الأجزاء الصغيرة التي تستخدم دوراً للسكن. أما الطابق الثاني فمتهدم السقف وهو مسجد المدرسة. ويرجع انهدام هذا الجزء إلى زلزال عام 1346هـ/1927م. ومبنى المدرسة جميل البناء، حيث اشتملت عناصره على صفوف الحجارة المشهرة (الملونة باللونين الأحمر والأبيض)، وامتازت بغناها بالعناصر المعمارية والزخرفية. وصفها مجير الدين الحنبلي بأنها "الجوهرة الثالثة في المسجد الأقصى" أي بعد قبة الصخرة والجامع القِبْلي.