Kıble Camii'nin batısında, İslam Müzesi'nin (Moghrabi Camii) karşısında, Mescid-i Aksa'nın içinde yer alır. Adını kurucusu Osmanlı valisi Yusuf Ağa'dan almıştır ve bu tarih H. 1092 / MS 1681'dedir ve Yusuf Kubbesi'ni de kayanın avlusuna yaptırmıştır.

Kubbe ile örtülü kare bir odadır. Bugün, Mescid-i Aksa'nın gayrimüslim ziyaretçilerine İslam Müzesi'ne giriş bileti satmak için bir ofis kullanıyor ve aynı zamanda bir danışma ofisi kullanıyor.